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            MET基因檢測的平臺和方法
            前言:MET基因異常是非小細胞肺癌中一種少見的驅動基因異常,但具有重要的臨床治療價值。非小細胞肺癌中MET基因異常主要有MET14跳突、MET基因擴增和MET蛋白過表達,需要采用不同的檢測方法。本文重點介紹了非小細胞肺癌中MET基因異常的常見形式及其檢測方法,并且對這些檢測方法的優缺點也進行了相應的介紹。
            MET基因檢測的平臺和方法
              MET基因異常是非小細胞肺癌(NSCLC)中非常重要的少見驅動基因形式,已經獲得了極大的關注和研究。MET基因異常主要包括MET第14號外顯子跳讀突變(MET 14跳突)、MET基因擴增、MET基因點突變、MET基因融合及MET蛋白過表達等。其中針對攜帶MET 14跳突的局部晚期或轉移性NSCLC的MET抑制劑具有較好療效,已于2021年在國內獲批上市;其次MET基因擴增是EGFR?TKI靶向治療重要的耐藥機制之一, MET基因擴增的晚期 NSCLC患者可從MET抑制劑治療中獲益;另外關于MET蛋白過表達的多項臨床試驗也正在進行當中。
              準確檢測MET異常是使用MET抑制劑治療的前提,在NSCLC中MET異常常見的分子病理檢測方法主要包括免疫組織化學、FISH、RT?qPCR、Sanger測序、二代測序技術等。然而,由于MET基因的異常的類型和方式較多,不同的檢測方法有各自的優缺點,臨床檢測中面臨著較多的問題和挑戰。近日,《非小細胞肺癌MET臨床檢測中國專家共識》對MET常見的基因改變及其檢測方法進行了詳細的梳理,并形成共識。
             
            (一)MET 14跳突可使用RT-qPCR、DNA二代測序或RNA二代測序進行檢測,不同檢測方法各有其優缺點,必要時可相互驗證或補充檢測。MET 14跳突位點形式多樣,臨床檢測和判讀中需特別注意。
              MET 14跳突的檢測方法主要包括Sanger測序、RT-qPCR、二代測序等,其中Sanger測序的檢測通量和靈敏度較低,目前在臨床中應用較少。
              RT-qPCR是在MET第13和第15號外顯子區域設計引物,檢測是否有特異性的擴增產物。該方法檢測MET 14跳突準確率高,但對于一些與MET 14跳突功能相似的、特殊且罕見的MET變異形式(如Y1003位點氨基酸改變或缺失)會導致漏檢。對于檢測結果在陽性閾值附近的患者,其結果解釋需謹慎,應結合樣本質量、腫瘤細胞含量以及檢測質控情況綜合分析,必要時可使用其他平臺進行復測。
              DNA二代測序優選腫瘤組織樣本或細胞學樣本進行檢測,目前主要基于擴增子法和雜交捕獲法2種建庫方法來富集并進行基因檢測??紤]到MET 14跳突的變異位點和形式多樣性,不同建庫方法的檢測能力也有一定差別,推薦建庫的靶向序列至少應覆蓋全部MET 13內含子、MET 14外顯子以及MET 14外顯子下游50 bp的范圍(MET 14內含子內)。二代測序生物信息分析的數據庫應盡可能包含全面的MET 14跳突位點信息,并定期更新,對于檢測到的疑似MET 14跳突,建議輔以RT-qPCR或RNA測序驗證。
              RNA二代測序是在RNA水平上檢測MET第13/15號外顯子融合來判斷是否發生MET 14跳突。該方法直接檢測MET 14跳突,檢測覆蓋范圍明確,生物信息分析簡單。但與RT-qPCR一樣,對于一些罕見的MET變異形式可能會出現漏檢。RNA二代測序對樣本質量要求高,檢測全程需做好質控。
             
            (二)MET基因擴增可采用FISH和二代測序進行檢測,FISH是檢測MET基因擴增的金標準,二代測序檢測MET基因擴增尚需進一步優化和驗證。
              MET基因擴增的檢測方法主要包括FISH、二代測序等,其中FISH目前是檢測MET基因擴增的金標準。FISH通過熒光探針原位標記MET基因,可以結合形態直接觀察腫瘤細胞中MET熒光信號的數量,來計算腫瘤細胞中MET基因拷貝數(GCN);或者通過標記MET基因和第7號染色體著絲粒(CEP7),計算腫瘤細胞中MET/CEP7比值。該方法通過計算MET GCN及MET/CEP7比值來判斷擴增情況,并且可區分局部擴增和多倍體。FISH檢測MET基因擴增的判讀尚無統一的標準,目前主要參考UCCC標準和Cappuzzo標準,推薦將MET GCN≥5或MET/CEP7≥2作為判讀參考閾值。當MET/CEP7≥2時,判斷為局部擴增;當MET GCN≥5且MET/CEP7<2時,判斷為多體。
              DNA二代測序方法可以基于測序深度和特定位點變異頻率等信息對檢測MET基因拷貝數變異進行計算,首選腫瘤組織樣本或細胞學樣本。不同公司或實驗室使用的二代測序檢測panel和生物信息分析策略可能有所不同,檢測結果的呈現形式也可能不同。有報道組織二代測序與FISH檢測MET基因擴增的陽性一致性約為48%~62.5%,其中MET局部擴增陽性一致性為88%,而多倍體陽性的一致性僅為4%。因此,二代測序檢測MET基因擴增有待進一步優化和驗證,建議臨床選用經NMPA批準或經充分驗證的二代測序產品對MET基因擴增進行檢測。
              另外,微滴式數字PCR在MET基因擴增檢測尤其血液標本的檢測領域已有相關探索,但該方法在臨床應用前尚需進一步優化和驗證。
             
            (三)MET蛋白過表達的檢測方法主要為免疫組織化學的方法。
              MET蛋白過表達的檢測方法主要為免疫組織化學的方法,其利用抗原與抗體特異性結合的原理,對MET蛋白進行定位、定性及相對定量的檢測。目前國內外檢測MET的抗體涉及多個克隆號,不同抗體的染色性能存在差異,尚沒有統一的判讀標準。因此,進行不同抗體的一致性對比研究十分必要,并需要更多的臨床研究來證實MET蛋白過表達的臨床價值,進一步明確判讀標準和獲益閾值。在當前的臨床研究中,建議免疫組織化學檢測結果應至少包括所使用的抗體信息、腫瘤細胞中陽性百分比和染色強度。
              總之,非小細胞肺癌中MET基因改變的檢測方法是根據MET基因發生的改變而需要采用不同的檢測方法,而且對同樣的MET基因改變采用的檢測方法具有不同的敏感性,需要臨床病理醫生根據腫瘤細胞含量、臨床需求選用合適的檢測方法,以提高MET基因改變的檢測敏感度和準確性。
             
            參考文獻
            1.《非小細胞肺癌MET臨床檢測中國專家共識》.中華病理學雜志,2022,51(11):1094-1103.

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